Die Abtrennung des heute 2 km langen und bis zu 50 m tiefen Obersees vom nördlichen Königssee wurde bereits in der Eiszeit vorbereitet, als der große Gletscher aus dem Steinernen Meer und dem Hagengebirge bei seinem Rückzug einige Zeit stehenblieb und das mitgeführte Schuttmaterial ablagerte.

Endgültig voneinander abgeriegelt wurden beide Seen vermutlich durch einen Felssturz im Jahre 1172. An den Längsseiten des Obersees ragen etwa 1000 m hohe Felswände auf, während am anderen Ende das Ufer sanft zu einer von dunklem Bergwald umsäumten Rasenhalde ansteigt.

Wie ein breiter Silberstreifen stürzt von der dahinter aufsteigenden 470 m hohen Röthwand der Röthbachfall auf den Almboden herab, wo er versickert und dem Obersee unterirdisch zufließt. Der Obersee wird seit der Schaffung des Nationalparks Berchtesgaden nicht mehr befischt. Heute finden sich darin rd. 15 Fischarten, darunter hauptsächlich der Seesaibling und die Seeforelle.